一、公司印章、证照的管理
公司作为具有独立民事权利能力和行为能力的拟制法人，对公司财产承担相应的民事权利和义务。公司证照、印章则起到了对外证明公司身份的作用，是公司意志最直观的体现。诸多登记、变更手续都需要加盖公司印章的文件或是公司的证照，如果缺失了上述印章、证照，会给公司的日常经营管理带来诸多不便。公司证照一旦被非法占有，则公司需要通过证照返还诉讼取回证照。公司证照返还纠纷是一个独立的民事案件三级案由，此处的“证照”除了指字面意义上的公司证照，还包括各类公司印章及可以起到证明作用的特殊动产，具体包括以下各类:
1、字面意义上的公司证照，包括营业执照、组织机构代码证、税务登记证(现部分地区已采取三证合一)、银行开户许可证、社保登记证等。而对于需要事前审批的特殊行业，在设立时除一般证件外，还需要先进行行政审批，拥有特殊的特许经营、批准文书或执照，这些证件对于这类特殊公司来说，同样对经营管理具有关键作用。
2、公司印章。1) 公章，用于公司对外事务的处理，工商、税务、银行等外部事务处理时需要加盖；2) 财务专用章，用于公司出具支票等经济类票据以及其他会计业务时加盖；3) 合同专用章，通常在公司签订合同时使用；4) 法定代表人章，用于特定的用途，公司出具票据时也要加盖此印章；(5) 发票专用章，在公司开具发票时需要加盖； (6) 部门专用章，公司与部门、部门与部门之间内部行文时使用，不对外使用。
3、其他特殊动产。除公司证照、印章之外，公司的财务账册、会计凭证(包含记账凭证及相关原始凭证)、各类资质证书、银行开户支票本、房产证及公司、土地使用证、公司的档案、机密文件等均属于其他范畴。
二、证照管理问题的产生原因
1.公司内部缺乏有效的证照管理制度，比如证照由多个管理人同时保管，权责不清;公司人员交替衔接不畅，导致证照未能及时被移交给新任的保管人;公司未制定有效的证照使用规范，能够接触和使用证照的人员过多过杂，导致证照经常脱离公司控制。
2.公司治理存在问题。这表现为公司内部对控制权的争夺：新旧股东之间、新旧法定代表人之间、创始人与大股东之间争夺公司控制权。除此之外，还有可能是公司之外的第三人非法占有公司证照。当这些主体非法占有证照并拒不归还时，就会产生公司证照返还纠纷。
由上可知，公司证照返还纠纷的侵权主体一般都有合理的理由或合法的身份接触和使用证照，包括:(1) 公司证照、印章等特殊动产保管人;(2) 公司股东、董事、经理等高级管理人员; (3) 公司经办员工;(4) 公司外第三人。
三、公司证照返还的请求权基础及其他诉请
通常情况下，公司证照、印章虽不具备较高的物质价值，但也是公司的动产，在被非法占有后，公司该依据何种法律规定向占有人提出返还请求权？《民法典》第三百三十五条规定，无权占有不动产或者动产的，权利人可以请求返还原物。通常可以引用该条法律作为公司证照返还的请求权基础。
1.公司董事、监事的法定赔偿义务
《公司法》第一百四十七条规定:“董事、监事、高级管理人员应当遵守法律、行政法规和公司章程，对公司负有忠实义务和勤勉义务。董事、监事、高级管理人员不得利用职权收受贿赂或者其他非法收人，不得侵占公司的财产。”第一百四十九条规定:“董事、监事、高级管理人员执行公司职务时违反法律、行政法规或者公司章程的规定，给公司造成损失的，应当承担赔偿责任。
第一百四十七条主要描述了违反公司忠实义务的表现形式，其中虽然并没有明确提及侵占公司证照的行为，但该行为明显侵害了公司利益。如果公司的董事、监事、高管非法占有公司证照拒不归还，明显也属于“违反对公司忠实义务的其他行为”的范畴。
由于董事、监事、高管的特殊地位，其在执行职务时是接触公司证照最多的人。而上述第一百四十九条的规定非常宽泛，完全可以适用公司董事、监事、高管因非法侵占公司证照而给公司造成损失的情形。
2.公司董监高以外的主体的法定责任
公司董事、监事、高管之外的第三人发生侵占公司证照、印章、财务账册等特殊公司财产的行为，其本质上也是一种侵权行为。“返还财产”和“赔偿损失”是《民法典》第一百七十九条规定的承担民事责任的方式之二。所以公司在请求第三人返还公司证照的同时，如果侵占证照的行为本身给公司带来损失，除了可以提起返还之诉，还可以提起赔偿之诉。
四、公章缺失时如何提起诉讼
公司的法定代表人是唯一受法律认可的可以代表公司意志的人。在公章缺位时，法定代表人仍然可以代表公司对外实施民事法律行为，其签字可直接代表公司的意志。
如果侵占证照的是法定代表人或其利益相关人，法定代表人肯定会怠于通过诉讼手段主张权利。此时，公司股东会作为法定的公司最高权力机关，有权通过决议免除原来的法定代表人并任命新的法定代表人，或者向某一股东出具特别授权，由其代表公司进行诉讼。值得注意的是，公章的缺位仅仅会造成无法办理行政备案登记，但股东会决议的效力并不因此受到影响，仅仅是不能对抗善意第三人。因此，股东可依法通过股东会决议授权或任免新法定代表人的方式，在确定公司证照被侵占时，作为公司诉讼代理人，向人民法院提起公司证照返还纠纷。
五、如何改善公司的证照管理
在实践中，公司失去对证照的控制多是由于公司内部管理不善造成，比如证照使用流程不清晰，使用过程缺乏监管。为了防止此类事件发生，公司应当对证照管理予以足够重视，定期进行公司证照管理相关的合规培训，让公司人员对证照的重要性有足够认识。
公司应当完善证照管理档案，对证照的使用、交接制定严格的流程，确保证照使用始终处于控制之下。如果公司证照较多，还应当进行分类细化管理，通过公司章程或者股东会、董事会的合法决议确定管理部门并指定专人负责管理，明确管理部门、管理人及使用人的责任。公司证照的更新和使用应当在公司内部有备案，做到有迹可循。
另外，借助先进的电子信息技术，近年来电子印章的使用已经愈加广泛。如《上海市优化营商环境条例》第三十二条规定:“本市建立统一的电子印章系统，推进电子印章在政务服务、社区事务受理等领域的应用，鼓励市场主体和社会组织在经济和社会活动中使用电子印章。各部门已经建立电子印章系统的，应当实现互认互通。企业电子印章与企业电子营业执照同步免费发放。企业可以根据实际需要，自主刻制实体印章。”电子印章相比实体印章，其使用更加简便，安全性也更强。公司可根据实际需要探索电子印章的使用和管理。