在奖惩制度管理上，需要注意:
1、奖惩制度应通过民主程序制定。根据《劳动法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》第五十条规定，用人单位根据《劳动合同法》第四条规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为确定双方权利义务的依据。
2、关于“扣工资”，根据《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的 20%。若扣除后的剩余工资部分低干当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。用人单位要让劳动者赔偿经济损失，首先需要证明劳动者给用人单位造成了损失，还必须是因为本人原因。因此，对于用人单位来说，对员工进行罚款之前，一定要审查规章制度是否有明确规定，是否将员工违反规章制度的事实通过多种取证方法予以固定，否则，经营自主权的行使将可能变成克扣工资。
3、用人单位需要明确奖惩的标准。比如每月考核在9分以上为达标，可领取当月全额效益工资；8~8.9 分为基本达标，可领取当月效益工资的90%，7~7.9分可领取当月效益工资的80%，6~6.9分可领取当月效益工资的50%，6分以下取消当月效益工资；年度扣分累计在 10分以下者，可领取全额年终奖，扣分在10~18 分之间可领取90%的年终奖，扣分在18~26分之间可领取70%的年终奖，扣分在26~36 分之间可领取50%的年终奖，36分以上者取消年终奖；连续两个月考核在6分以下者辞退或给予处分。
4、明确奖励程序。可由员工推荐、本人自荐、领导提名等方式得出合适人选，经证明符合条件者给予奖励。
5、明确奖励方式。奖励方式包括但不限于表扬信/嘉奖单：发表扬信，张贴通告；嘉奖(现金)等。
6、明确惩罚的范围。如违反国家法律、法规、政策和企业规章制度，造成经济损失或不良影响(无论金额大小) 等情况。